Atualmente, Fagner é um dos melhores laterais do futebol brasileiro. Construíndo a maior parte de sua carreira no Corinthians, o atleta de 33 anos atuou pelo Vasco da Gama no início de sua carreira. Revelado pelo próprio Corinthians em 2006, o lateral foi emprestado para o Vitória em 2007 e assinou com o PSV, da Holanda, em 2008.
Ele chegou ao Vasco em 2009 para a disputa do Campeonato Brasileiro da Série B, mas acabou não se firmando de início. Em sua segunda temporada, após o acesso para a Série A, Fagner começou a se destacar nos treinamentos e ganhou a titularidade.
Seu auge pelo Gigante da Colina foi em 2011, sendo titular absoluto da equipe e conquistando a Copa do Brasil, além de ter sido o melhor jogador da posição no Campeonato Brasileiro. A titularidade do lateral continuou em 2012, mas a situação financeira ruim do Vasco acabou culminando na saída do atleta para o Wolfsburg.
Em entrevista na época, Fagner falou sobre sua saída. “Quando chegou a proposta já estava tudo certo entre os dois clubes e coube a mim apenas dar a palavra final. E era muito boa a proposta para minha família, para mim”, afirmou.
No Wolfsburg, Fagner disputou 30 partidas e anotou uma assistência. Após apenas uma temporada no clube alemão, ele retornou ao Gigante da Colina. Foram 29 partidas como titular em sua segunda passagem, até ser vendido para o Corinthians em 2014.
Desde então, Fagner veste as cores do clube paulista. Pelo Corinthians, ele já acumula convocações para a Seleção Brasileira, chegando a inclusive participar da Copa do Mundo de 2018.