Em 2013, o Vasco da Gama acertou o retorno de Fagner. Depois de ser revelado pelo Corinthians em 2007, o lateral direito foi para a Europa, e chegou ao clube do Rio de Janeiro em 2009, para sua primeira passagem.
Depois de se destacar defendendo a camisa cruzmaltina (campeão da Copa do Brasil de 2011), Fagner foi negociado com o Wolfsburg, da Alemanha em 2012. Depois de apenas um ano no futebol europeu, ele retornou ao Gigante da Colina por empréstimo.
Fagner retornou ao Corinthians em 2014, também emprestado pelo Wolfsburg
“Estou pronto para me doar novamente. Pensei na família quando a oportunidade surgiu. Minha esposa está esperando o segundo filho e tenho a certeza de que foi a escolha certa. As saudades da cidade e do carinho vascaíno eram consideráveis. Estou mais experiente, aprendi um pouco da cultura de outro país e sentia saudade de ser o Fagner que saiu daqui. Espero voltar melhor e quem sabe buscar uma vaga na seleção brasileira. Isso já foi falado por aqui,” comentou Fagner ao ser apresentado novamente pelo Vasco, ao lado de Ricardo Gomes, Roberto Dinamite e sua família.
Na primeira passagem pelo Vasco, Fagner fez 149 partidas e marcou 14 gols. Fagner foi campeão da Copa do Brasil em 2011, e também foi eleito o melhor lateral direito do Campeonato Brasileiro, competição que o Vasco ficou em segundo lugar.
“Não esperava essa repercussão toda com o meu retorno. Fiquei muito feliz com isso. Quando passamos por uma experiência lá fora aprendemos o futebol tático. Tenho a certeza de que vou ajudar ao máximo os meus companheiros,” concluiu o lateral em sua apresentação.